С самого начала не было технической возможности для записи передачи, поэтому каждый день она выходила только в прямом эфире и то в виде картинок с закадровым текстом. Затем появились кукольные спектакли с куклами театра С.Образцова и небольшие пьесы с участием артистов МХАТа и Театра Сатиры. А иногда в съемках принимали участие и дети 4-6 лет, в гости к которым приходили известные театральные актеры: давали советы, рассказывали сказки.

В создании программы принимали участие такие известные детские писатели, поэты и сценаристы как А.Курляндский, Э.Успенский, А.Усачев, Р.Сеф, П.Барто и другие. Знакомые же всем куклы-персонажи появились в передаче в конце 1960-х годов и сразу же очень полюбились детям. Так, пес Филя – сторожил, он появился в 1968 году, зайка Степашка – в 1970-м, поросенок Хрюша – в 1971-м, ворона Каркуша – в 1982 году. В некоторых выпусках можно было увидеть кота Цап-Царапыча, а вот медвежонок Мишутка – весьма молод по сравнению с остальными – он появился на экране в 2002 году. Озвучивали персонажей актеры театра С.Образцова и других московских театров. Например, Хрюша разговаривал голосом Н.Державиной, которая буквально посвятила жизнь своему любимому поросенку, а после ее смерти в 2002 году Хрюшу заговорил голосом О.Чабанюк.

Первым, кто озвучивал Филю, был Г.Толчинский, затем – И.Голуненко и с 1994 года С.Григорьев. Степашку озвучивает Н.Голубенцева, Каркушу – до 1998 года – Г.Суфимова, а сегодня – Г.Бурмистрова. Не меньшей любовью, чем звери-персонажи, пользовались и дикторы-ведущие «Спокойной ночи, малыши!» - В.Ухин (дядя Володя), В.Леонтьева (тетя Валя), Т.Веденеева (тетя Таня), А.Вовк (тетя Лина), Т.Судец (тетя Таня), Ю.Григорьев (дядя Юра), С.Жильцова, Н.Кондратова. А в 1990-е годы передачу вели разные артисты – Ю.Куклачев, А.Акопян и другие. На протяжении последних нескольких лет друзьями и наставниками Фили, Хрюши, Степашки, Каркуши и Мишутки стали – актриса А.Михалкова, телеведущая О.Федорова и певец Д.Маликов.

Традиционно сюжет передачи состоит из поучительной истории на морально-воспитательную тему, где кукольным персонажам объясняет, что нужно делать и как надо себя вести в той или иной ситуации, «Взрослый» – ведущий передачи. А затем следует обязательный мультик. Кстати, чаще всего это мультфильмы, носящие обучающий и просветительский характер, причем раньше часто мультик прерывали на самом интересном месте, и продолжения сказки приходилось ждать до следующей передачи.

В 1970-1980-е годы, кроме отечественных, показывали также чехословацкие мультики про Крота, Кржемилека и Вахмурку, польские про пса Рекса и друзей Лёлика и Болека. Завершаются «Спокойной ночи, малыши!» заставкой, сопровождаемой песней-колыбельной – главным символом передачи. Она ведет свою историю с самого рождения передачи – музыку к убаюкивающей песенке «Спят усталые игрушки» написал композитор А.Островский, стихи – поэтесса З.Петрова. А вот заставка передачи сначала, в 1964 году, была черно-белой и изображала часики с двигающимися стрелками, цветной она стала в конце 1970-х.

Знаменитая заставка в виде пластилинового мультфильма была создана А.Татарским в 1981 году. И хотя в 1980-90-х годах дизайн «Спокойной ночи, малыши!» несколько раз менялся, но с 2002 года эта заставка, правда, с компьютерными доработками, и песенка «Спят усталые игрушки» сохраняются до сих пор.

Осенью 1991 года Детская редакция переехала с Шаболовки в Останкино. Тогда же над программой нависла угроза закрытия, но, благодаря многочисленным письмам телезрителей, ее удалось отстоять. Правда потом она выходила на разных каналах и в разное время. С 2002 года «Спокойной ночи, малыши!» выходят на телеканале «Россия» по будням в 20:50 по местному времени, у передачи своя новая, оборудованная яркими современными декорациями студия. С 1994 года и по настоящее время она выпускается телекомпанией «Класс!».

За свою полувековую историю передача «Спокойной ночи, малыши!» поистине стала всенародно любимой, стала символом семьи и преемственности поколений. Не даром она трижды становилась лауреатом премии ТЭФИ (в 1997, 2002 и 2003 годах) в номинации «Лучшая детская программа». А по ее мотивам создано несколько компьютерных и настольных обучающих игр для детей разного возраста.